Shigella는 장내 세균과(Family Enterobacteriaceae)에 속하는 통성 혐기성 그람음성 간균으로, 모든 장내세균에 공통적인 포도당 발효능, nitrate 환원능을 갖고, cytochrome oxidase 음성이다. 대장균과 Shigella가 분리 배지에서 서로 다른 특징을 보이고, 대장균이 Shigella에 비해 생 화학적으로 여러 가지 활성을 보이는 경우가 많기 때문에 처음에는 서로 가까운 관계에 있는 세균으로는 생각하지 않았지만. DNA 교잡법에 의한 분석 결과 이 두 세균은 90% 정도의 DNA 연관성을 보여서 적어도 염색체 수준에서는 하나의 종에 속하는 세균으로 밝혀졌다. 외견상으로도 Shigella와 대장균은 구분하는데 매우 어려울 때 가 있다. 즉, Shigella도 일부는 포도당을 발효할 때 가스를 만들어내는 수가 있고. 대장균도 유당을 발효하지 못하거나 가스를 만들지 않거나 운동성이 없기도 하다. 또 대장균이 설사를 일으키기도 하기 때문에 병인성이 절대적인 가늠자가 되지도 못한다. 그래서 Shigella는 대장균 중에서 생화학적으로 활성이 적은 하나의 biogroup이라고 할 수 있다. 그러나 Shigella라는 이름이 우리에게 아주 익숙해져 있고 Shigella가 세균성 이질 (bacillary dysentery)이라는 특정한 질환을 잘 일으키며 대장균과 구별할 수 있는 특이 항혈청도 쉽게 구할 수 있기 때문에, 균종을 재분류했을 때 오는 혼란을 감수하면서까지 굳이 Shigella라는 이름 대신에 “biologically inactive E. coli” 따위 의 이름을 붙이지는 않는다. 그렇기는 해도 원래 Shigella는 병원성이 있고 E. coli는 위장관의 질환을 일으키지 않는 상재균이라는 관념적인 구분은 E. coli 0157:H7의 예에서 보듯이 절대적인 의미는 없다.