병원 감염의 역학적 연구에 있어서 기본적인 전제는 역학적 근건에서 얻은 분리주는 클론으로 연관되어 있어 공통된 특징들을 가지는 반면 역학적으로 무관한 분리주는 동일 균종이라 하더라도 여러 가지 특징이 다르다는 것이다. 이러한 전제에 의거하여 형별 검사를 하여 양자를 구별하려는 연구들이 역학적 분석을 위해 지속적으로 수행되어져 왔다. 형별 검사는 미생물에 의해 표현되는 특징들을 검사하는 표현형적 기법과 핵산체를 검사하여 의의 유전적 요소들을 DNA에 근거한 방법으로 직접 검사하는 유전형적 기법으로 분류된다[1]. 역학적 목적으로 사용될 최소의 형별 검사는 표현형적 기법이었지만 표현형적 특징이 주관적인 기법들은 같은 균종이나 아종(subspecies)의 분리주들간의 유전적 관계를 측정하는데 필요한 분석능을 제공해 주는 경우가 드물다. 이러한 분석은 여러 아형이 제기되는 역학적 의문을 해결하는데 필수적이다. 병원 감염의 근인자와 각 개인들과의 질환 분포, 새로운 고도 독성 또는 약제-내성 균주의 출현, 상재균 또는 감염 균주의 미세진화(microevolution), 병원균의 일반적인 집단 구조 등을 정확하게 동정하기 위해서는 형별 검사의 범위가 균종 동정으로부터 균주 및 아구주(substrain) 형별검사까지 확대되어야 한다. 아형 구분들에서 분리주들을 집단 분석을 통해 군분로 분별하기 위해 유전적 관련성을 정확히 측정할 필요가 있다. 그러한 정보를 제공할 수 있는 방법들이 개발되어 왔으며 연구자들은 관련성 여부를 규명하기 위해 그들이 선택한 방법이 적절한지를 확인해야 한다. 연구할 때 대답해야 할 질문을 분명하고 정확하게 서술하고, 도달해야 할 유전적 관련성의 수준을 결정한 다음, 그 질문에 답하는데 필요한 분석능을 가진 유전적 지문 식별법을 선택하고, 선택한 방법의 효율을 입증하는 것은 필수적이다.